Zur Karyotypisierung wurden die Bilder der Chromosomen von 11 nahezu vollständigen Kernen ausgewertet. Um alle Chromosomen eines Kernes zu erfassen, waren meist bis zu fünf Bilder notwendig. Weiterhin machte es die relativ große Dicke der Chromosomen von ca. 5 µm (gemessen mit einem konfokalen Laser-Scanning-Mikroskop, Leica) notwendig, ein Objektiv mit geringer (16facher) Vergrößerung und großer Tiefenschärfe einzusetzen. Erst damit war es möglich, alle Details der Chromosomenmorphologie aus den verschiedenen Ebenen in einem Bild zu dokumentieren.
Zur Auswertung wurden die Bilder zu einem sog. "Karyotyp-Navigator" zusammengestellt. Dieser besteht aus einer Sammlung von Dateien in HTML-Format, in der die Bilder strukturiert und durch Hyperlinks miteinander verbunden dargestellt werden. Die Konvertierung der Orginalbilder aus dem IPLab-eigenen Bildformat in das komprimierte JPEG-Format erfolgte mit dem Programm Grafikkonverter (Lemke Software). Die HTML-Seiten wurden zum größten Teil mit den HTML-Editoren der Programme Netscape Navigator Gold 3 Beta und Communicator Beta 4.04 (Netscape) erstellt oder direkt in einem ASCII-Editor (Notepad, Microsoft) geschrieben.
Für die Längenmessungen der Chromosomen anhand der elektronisch erfaßten Bilder, wurden die Bildverarbeitungsprogramme IPLab Spectrum (Signal Analytics) und Scion Image (Scion Corp., Frederick, USA) verwendet.