Auswirkung der stärkeren Protease-Vorbehandlung für die Signale
Bereits in den früheren Arbeiten (Nenno 1992; Nenno et al. 1994) hat sich die Vorbehandlung der Präparate mit Pepsin als geeignet erwiesen, um das Chromatin für die FISH zugänglicher zu machen und die störenden Cyto- und Nukleoplasmareste (damals wurden ganze Zellen gequetscht) zu verringern.
In der vorliegenden Arbeit wurde die HCl-Konzentration von ursprünglich 0,02 M auf 0,05 M erhöht. Dadurch wurde das Chromatin noch zugänglicher, vor allem aber ließen sich die Reste des Nukleoplasma der gequetschten Kerne weitestgehend auflösen.
Alternativ zur Vorbehandlung mit Pepsin führte auch eine 15minütige Vorbehandlung mit einer Proteinase K (100 µg/ml) zu einer besseren Zugänglichkeit bei der FISH. Im Gegensatz zu Pepsin verblieben nach der Behandlung mit Proteinase K jedoch noch relativ viele Nukleoplasmareste auf dem Präparat.
Allgemeines zur Ausprägung und Stärke der Signale
Bei den Polytänchromosomen hängt die Ausprägung der Hybridisierungs-Signale neben der Signalstärke (=Menge an Signalpunkten) vor allem vom Kondensationszustand des Chromatins ab. So erscheinen Signale im Heterochromatin als Cluster oder Bande, weil das Chromatin dort kondensiert vorliegt. Signale im Euchromatin hingegen erwecken aufgrund des dekondensierten Zustands des Chromatins eher den Eindruck einer "Punktewolke".